Необходимо отметить, что поисковые системы наказывают только в том случае, если Вы крадете или размещаете контент с другого домена; размещаете все варианты страниц на своем сайте, Владейте этим контентом и бесплатно используете его. Сегодня многие раскрученные веб-сайты (интернет-магазины, справочники и т.д.) размещают одинаковое содержимое в различных форматах. Поисковые системы не наказывают их, так как этот уникальный контент найден только в данном домене и больше нигде. То же самое происходит со сплит-тестированием URL. Вы никоим образом не пострадаете от его воздействия, так как Вы не украли этот контент, он полностью Ваш!
Важнее ответить на следующий вопрос: откуда поисковики узнают, что у Вас есть различные варианты главной страницы? Ваши варианты страниц будут доступны, если есть ссылка, указывающая на них. Если Вы не оставляете ссылку на Ваши варианты страниц на сайте или где-либо еще, поисковые системы даже не узнают о существовании этих страниц. Т.е. Вы даже можете научить поисковые системы не показывать Вам варианты страниц. Вы можете сделать это, используя no-index meta attribute или robots.txt